O entendimento da dinâmica do fósforo no ecossistema e sua correta e precisa quantificação é fundamental para adequada tomada de decisão na gestão de recursos hídricos. Desta forma, o objetivo deste trabalho foi avaliar o melhor método analítico para quantificação do fósforo por meio de três metodologias de digestão ácida distintos de extração de fósforo total. Os locais de estudo foram o Rio Barigui e Rio Passaúna que possuem diferentes usos e ocupação da terra, bem como usos da água. Os resultados mostraram que todos os métodos propostos apresentam boa reprodutibilidade com R2 maior que 0.98, para baixas e altas concentrações. Contudo, na quantificação das amostras ambientais o método 2 apresentou resultados mais satisfatório, no qual se destacam o menor volume de amostra e reagentes utilizados, menor tempo de digestão e boa precisão e reprodutibilidade da concentração de P das amostras. O uso inadequado de um procedimento analítico ou de uma curva de calibração inadequada pode subestimar a quantificação de P em amostras com baixas concentrações em cerca de 70%, ressaltando a importância de um bom planejamento experimental e preocupação com a qualidade da informação gerada.